它是一款在原子水平實(shí)現(xiàn)晶體結(jié)構(gòu)可視化的軟件,考試包括分子和聚合物擴(kuò)展、考試多面體、搜索結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)、自動(dòng)和批量創(chuàng)建結(jié)構(gòu)圖片等功能,支持晶體結(jié)構(gòu)著色和渲染以及批注。如創(chuàng)建晶胞邊界,時(shí)間連接原子等。圖14圖像設(shè)計(jì)頁面8)接下來,預(yù)安我們可以選擇觀察結(jié)構(gòu)模型的方式。

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如改變模型(球棍模型,排表線型,比例填充模型等),屏幕布局,背景顏色,顯示質(zhì)量,避免重復(fù)的原子主色等。圖18調(diào)整Representation調(diào)整Atom?Designs:年山將O原子調(diào)為紅色,Li原子調(diào)為藍(lán)色,同時(shí)還可以調(diào)整原子的大小。

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東省圖1?采用Diamond繪制出的晶體結(jié)構(gòu)示意圖1軟件簡介Diamond是德國波恩大學(xué)CrystalImpactGbR公司開發(fā)研制的一個(gè)化學(xué)專業(yè)軟件。

首先,教育如圖25所示,調(diào)整圖片的版式,將其設(shè)置為位圖(bitmap),分辨率至少設(shè)為300,然后調(diào)整圖像的寬和高。?圖二、考試具有大表面積的多孔骨架的烏爾曼(Ullmann)偶聯(lián)反應(yīng)?圖三、用于氣體分離,分子存儲(chǔ),離子萃取和催化的PAF的設(shè)計(jì)和制備

系列課一(上)**LAMMPS基礎(chǔ)精解**結(jié)合Lammpsin文件中各命令掌握1.分子動(dòng)力學(xué)基礎(chǔ)理論-1.1分子動(dòng)力學(xué)基本原理:時(shí)間分子運(yùn)動(dòng)論-1.2各種勢函數(shù)詳解:時(shí)間做模擬時(shí)如何選擇適合自己的勢函數(shù)-1.3分子動(dòng)力學(xué)關(guān)鍵技術(shù):分子動(dòng)力學(xué)的主要算法介紹,時(shí)間積分方法-1.4分子模擬條件和環(huán)境的控制:系綜的選擇-1.5分子模擬加速方法:周期性邊界條件,并行計(jì)算,GPU加速-1.6分子動(dòng)力學(xué)模擬流程詳解:建模能量最小化模擬結(jié)果分析系列課一(下)**Linux高性能計(jì)算入門+Lammps軟件定制化安裝**2.Linux高性能計(jì)算入門-2.1Linux(CentOS)系統(tǒng)安裝(物理機(jī)或虛擬機(jī))-2.2WinSCP,XShell遠(yuǎn)程軟件安裝配置詳解-2.3熟練掌握科學(xué)計(jì)算常用Linux命令-2.4學(xué)習(xí)Linux軟件編譯安裝方法,認(rèn)識(shí)makefile文件-2.5掌握在Linux服務(wù)器上安裝并行計(jì)算軟件openmpi,數(shù)學(xué)計(jì)算庫fftw等-2.6掌握在Linux服務(wù)器上安裝TorquePbs任務(wù)管理排隊(duì)軟件,科學(xué)管理計(jì)算任務(wù)3.Lammps軟件定制化安裝-3.1Lammps軟件安裝基本方法介紹-3.2Lammps軟件安裝擴(kuò)展包介紹-根據(jù)自己計(jì)算體系進(jìn)行定制化安裝-3.3并行版Lammps,GPU加速版Lammps編譯安裝方法實(shí)例操作:編譯得到自己的并行版Lammps計(jì)算程序系列課二(上)**LAMMPS模擬參數(shù)詳解**-4.1Lammps計(jì)算所需輸入/輸出文件構(gòu)建和常用命令詳解(in文件,data文件,lammpstrj文件結(jié)構(gòu)及格式)-4.2Lammps計(jì)算流程控制(如何自由地高度自定義計(jì)算流程及施加各種外界條件)-4.3Lammps力場勢函數(shù)詳解和參數(shù)說明(如何針對特定計(jì)算體系分析,準(zhǔn)確選擇力場)-4.4Lammps的Windows版+Linux串行/并行版編譯安裝定制Lammps格式Notepad++編輯器(高亮Lammps文件關(guān)鍵詞,讓Lammps文件更清晰易讀)系列課二(下)**LAMMPS模擬入門實(shí)踐**-5.1結(jié)構(gòu)弛豫-5.2可視化快照-5.3體系能量數(shù)據(jù)計(jì)算(原子受力。目前,預(yù)安培訓(xùn)班的所有視頻均已剪輯上線于APP課程內(nèi)容整套內(nèi)容分為三個(gè)獨(dú)立的系列課,每個(gè)系列課分為上下兩節(jié)。

排表聯(lián)系方式:如有疑問請?zhí)砑涌头⑿牛ㄎ⑿盘枺簃axw89)。余老師曾擔(dān)任面向本科生的分子動(dòng)力學(xué)課程講師,年山以及本科生小組課外科研實(shí)踐輔導(dǎo)教師,年山自2017年起擔(dān)任材料人材料計(jì)算科技顧問,并擔(dān)任分子動(dòng)力學(xué)1對1培訓(xùn)講師。

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